Sultan Melikşâh Bağdad’da iken torunu Ca’fer’i halîfelik veliahdı yapmak istemiş, bu sebeple Halîfe Muktedî ile arası açılmış ve ondan acele Bağdad’ı terk etmesini istemişti. Ancak bu emir tatbik mevkiine konmadan önce Melikşâh zehirlenerek öldürüldü (19 Kasım 1092).
  Bu zehirlenme olayında; halîfeden intikam almak isteyen Nizâmü’l-Mülk taraftarlarından ve oğlunu sultan yapmak isteyen Terken Hâtûn’dan şüphelenilmiştir. Sultan Melikşâh otuzsekiz yaşında ölmüş ve geride Kaşgâr’dan Boğaziçi’ne, Kafkaslar’dan Yemen’e ve Aden’e kadar uzanan büyük bir devlet bırakmıştı.