Daha sonra Fâtımîler ve Arslan Besâsîrî’nin teşvikleri ile saltanatta hak iddiâsı ile İbrâhim Yınal’ın isyânı, Sultan Tuğrul Bey’i Bağdad’dan ayrılmağa mecbur etmişti. Bu fırsattan yararlanan Besâsîrî tekrar Bağdad’a girdi (27 Aralık 1058) ve hutbe Mısır Fâtımî hükümdarı el-Mustansır adına okundu. Abbâsî halîfesi ise Besâsîrî’nin müttefiki Kureyşe teslim olmuştu. Tuğrul Bey, İbrahîm Yınal karşısında çok zor durumlara düştü.

Nihâyet yeğenleri Alparslan, Kavurt ve Yâkûtî’nin yardımları ile İbrâhîm Yınal, Türklerde hanedan azasının kanlarının akıtılmayacağı ananesine uyularak, yayının kirişi ile boğuldu (1059). Sultan Tuğrul Bey bundan sonra tekrar Bağdad üzerine yürüdü. Besâsîrî şehri terk etmekten başka çare bulamadı (14 Aralık 1059). Tuğrul Bey Abbâsî halîfesi Kaim bi-Emrillâh’ı tekrar Bağdad’a getirterek makamına oturttu.

Artık sıra gerek hilâfet makamının gerekse Selçuklu Devleti’nin başına belâ olan Besâsîrî’ye gelmişti. Besâsîrî ise, Hille emîri Dubeys’in yanına sığınmıştı. Nihâyet üzerine gönderilen bir Selçuklu birliğinin hücumu sonunda Besâsîrî ele geçirilerek öldürüldü (18 Ocak 1060). Bir süre sonra Sultan Tuğrul Bey halîfenin kızı ile evlenmek istedi. Halîfe Kaim bi-Emrillâh bu isteği önce kabul etmedi ise de, netîcede razı oldu. Nikâh 22 Ağustos 1062′de Tebriz dışında kıyıldı.

Tuğrul Bey daha sonra eşi ile beraber Rey şehrine döndü ve burada hastalanarak 70 yaşında öldü (4 Eylül 1063). Sultan Tuğrul Bey, Selçuklu Devleti’ni sağlam temeller üzerine oturtmuş ve devletin sınırlarını Ceyhun’dan Fırat’a kadar genişletmiştir. Ayrıca Türkmenleri Bizans’ın idaresinde bulunan Anadolu’ya sevkederek burasının bir Türk yurdu hâline gelmesine yardımcı olmuştur.