Berkyaruk batıda rakipleri ile saltanat mücadelesi yaparken, devletin doğusunda bir diğer hanedan azası amcası Arslan Argun bağımsızlığını ilân etmiş, Merv, Tirmiz ve Nîşâbûr gibi şehirlere hâkim olarak nüfuz bölgesini genişletmişti. Berkyaruk batıda kendisine rakip olanları ortadan kaldırdıktan sonra Arslan Argur’un işini bitirmeğe karar verdi. Bu maksatla da öteki amcası Böri-Bars’ı onun üzerine gönderdi. Böri-Bars önce başarı kazandıysa da, daha sonra Herât civarında yapılan savaşı kaybetti.

Arslan Argun bir süre sonra Böri-Bars’ı boğdurdu (1095). Sultan Berkyaruk kendisi harekete geçtiği sırada, Arslan Argun bir kölesi tarafından öldürüldü (3 Şubat 1097). Berkyaruk kardeşi Sencer’i Horasan’a “melik” tayin etti. Aynı yıl içinde, yine Selçuklu ailesinden “Emîr-i emîrân” lâkabını taşıyan Muhammed b. Çağrı, muhtemelen Gaznelilerin yardımı ile, isyân etti ise de, Sencer tarafından mağlûp edildi. Karahanlılar Devleti de Berkyaruk’a bağlılıklarını tekrarladı. Berkyaruk Batı Karahanlı Devleti’nde üç hükümdarın tahta çıkarılmasında rol oynamıştı. Kardeşi Muhammed Tapar’a ise Gence ve çevresinin idaresini verdi.