Uzun ömürlü olduğu anlaşılan Selçuk ise yüz yaşını geçmiş olduğu hâlde 1007 tarihinde Cend şehrinde öldü. Selçuk’un Mikâil, Arslan İsrâil, Yûsuf ve Mûsâ adlarında dört oğlu vardı. Mikâil daha babasının sağlığında bir savaş sırasında ölmüş, onun evladları Çağrı ve Tuğrul Beyler dedeleri Selçuk tarafından yetiştirilmişti. Selçuk’un ölümü ile âilenin başına Arslan Yabgu geçti. Bir müddet sonra Selçukluların hepsi Cend’den ayrılarak Arslan Yabgu’nun faaliyet sahâsı olan Buhârâ civarına idiler.

Sâmânîlerin ortadan kalkması ile Mâverâünnehr’e Karahanlıların hâkim olması, Selçukluların bu bölgede adı geçen devlet ile karşı karşıya kalmalarına sebep olmuştu. Tuğrul ve Çağrı Beyler, İlig Han Nasr’ın hücumuna uğradıkları zaman, yine Karahanlı hânedânından Buğrâ (Ahmed b. Ali) Han’ın yanına Talas havalisine gitmişlerdi. Ancak Buğrâ Han’ın onlara düşmanca davranarak Tuğrul Bey’i tutuklaması üzerine, Çağrı Bey bir baskınla Karahanlılar’ı mağlûp etmiş ve kardeşini kurtarmıştı. Yer sıkıntısı ve bu baskılar karşısında Tuğrul çöllere çekilirken, Çağrı Bey de Doğu Anadolu’ya meşhur akınını yapmıştı (1016-1021).